当接种疫苗，或许解除过敏原以及微生物病原体之后，免疫零碎激活，发生的T细胞亚群将辨认并肃清“外来入侵者”。这些T细胞中的一些被可以立刻发扬作用，而另一些则开展为“记忆T细胞”，全身循环的同时维护宿主免受入侵者再次呈现的打击。
如今，麻省理工学院的研讨人员如今曾经设计出一种办法，以鉴定具有特定靶标的T细胞，经过高通量单细胞RNA测序，作者可以确定某一细胞在给定工夫的基因表达状况，进而提醒T细胞的共同功用。在这项新研讨中，研讨人员运用该技术鉴定了发生花生过敏患者中特别的炎性T细胞。
研讨人员经过运用这种办法来研讨患者的T细胞对花生过敏的特征，进而可以协助开发特定疗法并确定该疗法能否对特定患者无效。此类研讨还可以协助指点研讨人员开发和测试新疗法。
相关后果近日宣布在《Nature Immunology》杂志上。该论文的次要作者是研讨生Ang Andy Tu和博士后Todd Gierahn。
研讨人员的新办法树立在他们先前的任务开发的技术之上，该技术可以在少量细胞上疾速执行单细胞RNA测序。经过对信使RNA停止测序，迷信家可以发如今给定工夫表达的基因，从而使他们理解单个细胞的功用。
在T细胞等免疫细胞上停止RNA测序十分令人感兴味，由于T细胞在免疫反响中具有许多不同的作用。但是，以前的测序研讨无法准确找到对特定靶标或抗原有反响的T细胞群体。这是由T细胞受体的序列特征决议的。单细胞RNA测序通常仅标志和测序每个RNA分子的其中一端，而T细胞受体基因的大局部变异都位于序列的另一端，因此惯例测序手腕无法辨认这些差别。
“很长一段工夫以来，人们不断在用这种传统的办法剖析T细胞及其转录组特征，但无法确定T细胞的受体信息。”
在单个T细胞中，编码T细胞受体的RNA缺乏细胞总RNA的1％，因而MIT小组提出了一种扩增这些特定RNA分子，然后将其从总样品中“拉出”的办法。每个RNA分子都标志有条形码，以提醒其细胞来源信息，因而研讨人员可以将T细胞的靶标与其RNA表达方式停止婚配。这使他们可以确定哪些基因在靶向特定抗原的T细胞群体中具有活性。
“要理解T细胞的功用，就必需理解它们的受体辨认的靶点信息。我们开发的这种办法可以应用现有的单细胞RNA测序文库，并提取想要表征的相关序列。”研讨人员说，该技术的另一个优点是它不需求昂贵的化学药品，它依赖于许多实验室曾经拥有的设备，并且可以使用于许多先前处置过的样品。
在文章中，研讨人员证明，在给小鼠接种了针对人乳头瘤病毒的疫苗后，可以运用该技术挑选出对人乳头瘤病毒有活性的小鼠T细胞。他们发现，虽然一切这些T细胞都对病毒起反响，但这些细胞具有不同的TCR，并且处于不同的发育阶段：其中一些T细胞被激活以杀死被感染的细胞，而另一些则专注于生长和分裂。
然后，研讨人员剖析了四名对花生过敏患者的T细胞。将细胞暴露于花生过敏原后，他们可以鉴定出对那些过敏原具有活性的T细胞。他们还显示出T细胞的哪些亚群是最活泼的，并发现了一些正在发生通常与过敏反响有关的炎性细胞因子。
“我们如今可以开端对数据停止分层，以提醒最重要的细胞是什么，而以前仅凭RNA测序无法辨认这些细胞。”
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